御旗ロイヤルの対策……

何かのために対策カード入れると別の何かに弱くなるのはしょうがないので、どこかは切り捨てましょう。

個人的にはﾘﾝｺﾞﾝよりプリズン優先と、知恵は減らしたほうがいいと思います。

御旗使ってて嫌だなと思うのは3ターン目で出てくるプリズンですね。
なので3積みオススメします。
あとサンドストームドラゴンも嫌かも。
放置すると2/1が2体もっていかれるので1:2交換するか判断を迫られます。

御旗には要除去のフォロワー(ユニコやムシュフシュ)を展開しつつ、横に展開されたら(全体1ダメ等で)除去していけば息切れしたところで逆転できると思いますよ。

ドラゴンで御旗とやると、除去を押し付けられて延々と疾走で殴られ続けて負ける、みたいなパターンが多いですよね
有利交換して盤面を綺麗にし続けても顔殴りをやめさせないと絶対に負けます
相手が事故ってない場合、要所でＧＭＤネプで止める、しか勝ち筋が無い気がします

あと、そのデッキは伝令サタンではない気がします

サタンを勝ち筋にする（キルターンが10T以降）という時点で、まぁ御旗ロイヤルとは噛み合わせが悪いですよね。ある程度は諦めが肝心だと思います。
1枚差しのカードはとりあえず必要性を再検討してみてください。エチカより魅力的なチョイスがありそうです。
理想的な流れとしては、初動を相討ちで止める→プリズンドラゴン、ウォーリアでリソースをもぎ取る→GMD、ネプチューンと守護を繋いで耐える→ファフニールで逆転→サタンで蓋、みたいな感じでしょうか。
サタンで勝つ、という戦略で通すなら、もっと盤面を凌げる形にしておきたいですね。

とりあえずどう勝ちたいのか見えてきません。
サタンで勝ちたいのか、ランプとして勝ちたいのか。
サタン以外に５コス以上を積むなら伝令は抜きましょう。御旗相手にそんなもんを撃ってる暇はありません。全力で盤面を取りに行きましょう。

エチカを入れるならファフニールくらいは欲しいです、ドラウォ、ジークと違って進化しても良くて1：1交換しかできないので、盤面有利を取られやすくなります。なので後から取り返せるファフニールを積みましょう。そうでなければプリズンのほうがマシだと思われます。
またエチカに進化権を使うとネプチューンに進化を残せないので、ネプチューンを積むなら抜く方が良いでしょう。

竜の知恵はドローとして優秀ですが、４コスを失うのは痛いので積んでも2枚、3枚は事故の元です。
ぶっちゃけると御旗に勝ちたいのならファフニールを積んで庭園を積むのが手っ取り早いです(エイラと超越にビックリするぐらい勝てなくなります)。

こんなところでしょうか、参考になれば幸いです。