コントロールネクロの運用

2コスが少な過ぎです。不死者はフォロワーを殴れないので足止めにならないため、他にも最低3枚は2/2フォロワーが欲しいところ。
3コスフォロワーが溢れぎみなので、この辺りを調整してみては？従者は強力ですが、どちらかというと攻める為のフォロワーです。守りを重視するなら抜いてしまってもいいかと。単体除去が豊富なので、契約を腐嵐にしたほうがアグロをみやすくなります。
それと長期戦をみるならカイザを2枚程度入れておきたいところ。キャロットが１枚あるだけでアサシンやコンバージョンが使いやすくなります。

従者不死者3枚の割に自壊カードが少ないのが気になります( ´ ▽ ` )

純粋なコンネクではないですが、
ラストワードで除去フォロワー召喚併用できる上最終版は宴タイラント+ネフティ+冥府の上、モルちゃん生贄にカード引いたりリッチモル展開できる構成です( ´ ▽ ` )ﾉ

アミュレットにはエクスで対応します。

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5〜6コスで負けるということはだいたいはアグロに押し負けているということなので、もっと低コストの守備を意識した構築にするといいかもしれませんね。
守護をあまり入れないアグロ相手にはよろめく不死者、闇の従者はフォロワー除去に参加できず微妙です。守護やAoE(全体除去)を採用するミッドレンジ以上の相手に刺さりやすいカードなので優秀なのですが、アグロが多いなら抜きましょう。
空いた枠には序盤の殴り合いと墓地肥やしを安定させるスパルトイサージェント、手札を安定して増やす魂の再利用、ニンジンを無限に使えて墓地も増えていくカイザの中からお好みで入れるといいです。
最後に自分のコンネクを晒しておきます。見切れているのはバハムート×2。

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運用の指南の前に、少しデッキを手直しさせて下さい。
デッキ内容を見ると、除去に偏り過ぎている気がします。ネフティスデッキならそれでも良いのですが、コントロールデッキなら、相手に除去してもらう事も意識しましょう。
試しに、あなたのデッキに少し変更を加えたデッキを載せておきます。デッキの内容ですが、

腐の嵐×2
死の祝福＋1
ケリドウェン×1

を追加で入れているので、ややエーテルが嵩みますが、これがちょうど良いと思います。消えぬ怨恨を抜いたのは前述の通りです。
他に抜いたカードは、

モルディカイ−2
冥府神との契約
ケルベロス
闇の従者

です。ケルベロスは確かに能力は素晴らしいですが、アグロ向きであるカードです。しかし、不採用にした理由は別にあります。それは後ほど…
冥府神は、7コスで相手の盤面除去＋自身の盤面展開が行える素晴らしいカードです。しかしそれを行うよりは、カムラで守っているだけの方が有用性に優れています。モルディを1枚にした理由は、8ターン目にモルディカイを出せる盤面となる可能性が低い為です。
8ターン目は進化権も使い果たしている可能性がある為、モルディを出したターンは動き難くなってしまいます。それに、序盤でモルディ3枚手札に来た…なんて事も十分にあり得ます。モルディカイは、なんとか押し切れそうな盤面で出すのが有効です。

ケリドウェンの採用理由ですが、バハムートの再召喚、モルディカイの増殖手段の追加、カムラ再召喚、ゴブマウ再召喚など、このデッキにぴったり入る気がしたためです。（笑）さて、ここでケルベロス不採用の理由に繋がるわけですが、ケルベロスがいると、破壊された最大コストが5の場合にケリドウェンの能力を使う事で、ケルベロスが出てくる可能性がある為です。
余裕が出て来たら、蝿の王を採用すると良いと思います。蝿がいるだけで、安定感が上がりますよ。蝿ガチャなんて言われていますが、凄い奴なんです。

勿論、エーテルが足りない等の理由でデッキに組み込めないのであれば無理にこの通りに組む必要はありません。参考になれば幸いです。

さて、運用の仕方ですが、なるべく元のデッキにあったカードで説明していきますね。
基本を守ればそれなりに戦えます。マリガン時はユニコを狙っていきましょう。基本的に2、3コスをキープですが、相手が展開をしてくるようなデッキの場合、ゴブマウを残しておくのも１つの手です。ただし、守護はソルジャーの方を優先して下さい。
常に相手の手を先読みをして行動しましょう。例えば、相手がエルフで先攻の場合、3ターン目のエンシェントエルフを警戒して2ターン目によろめく不死者を出す等…そういった所に気をつけるだけでかなり勝率が上がると思います。
中盤はゴブマウや死の祝福で頑張って耐えましょう。手札にモルディカイやバハムートがある場合は、それらに繋げるために動いていきます。
体力が危うくなったら、カムラを出していきます。相手が消滅を使ってくる可能性が無いと確信できたら、進化権を使わずに置いておくだけで良いです。
終盤になったら、モルディカイやバハムートを出して、圧倒的優位を取りましょう。手札に来てない場合も、諦めずにターンを引き延ばしていって下さい。

5、6ターン辺りで負けると仰っていますが、たまたまアグロデッキに当たって、たまたま引き運が悪かったってだけかもしれないですね。アグロ相手にユニコやソルジャーは効果覿面なので、引けるように祈っておきましょうwww

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5,6ターン目に負けるコントロールデッキという事は、相手盤面の処理が追いついていないのではないでしょうか。
ネクロは特に、6ターン目の祝福が生命線です。
双翼外してソウルハント入れると、ネクロマンス稼ぎつつ除去が出来るので、割と安定して6ターン目祝福に繋げられます。
祝福はネクロマンス無しで出してもそれなりに強いので、できれば三枚積みましょう。
また、このタイプのデッキだと、リーサルが見えている場合でなければ、ケルベロスを5ターン目に出す動きが非常に弱い。
もちろん最後の一押しにミミココは便利ですが、盤面を抑えることを考えると、ゴブマウ→祝福→カムラ→モルディカイとプレイしたいので、そもそも使う暇が殆どありません。
どうしても出すなら祝福の裏ですが、それなら蝿の方がよほど強いです。ネフティスを使わないのであれば、ぜひ一考を

従者３は事故るので自分は２枚にしてます
ネクロアサシンを３枚採用するのであればカイザ１枚いれたいかなと
自分はスカルウィドウ３枚いれてコンバーションして無理やり回転率あげてます
その間ぼかすか殴られるのでヒーリングエンジェル３積みです
５、６あたりで負けるということは盤面がとられ放題になっているので進化をうまく使って盤面を全力でとりにいきましょう
３～６ターンまでをどうゆう順番でカードをプレイするかを手札と相手のデッキタイプをみてあらかじめ考えるようにすると上達します
後はネフティス型じゃないコントロールネクロは
よろめく不死者とネクロアサシンの使い方がキーになってると思うのでとりあえずコストあまってるからよろめく不死者だしとくかみたいなプレイはしないほうがよかったりします

従者いらないのと
不死者と双翼の枚数減らして

３コス除去スペル優秀だからいれてみては？

従者が微妙
従者のけて腐の嵐にしたほうがいいでしょう

コンネクに従者ってどうかな...盤面取るのに使えないのがかなり痛い気がする

あと、ハウルとかは除去にも使えるのでわりとおすすめしますよ。
ケルベロスのミミココハウルにも繋げられるし。
で、ハウルとは3コスのアレも相性よさげです！笑
あとは...俺はアサシンの使い回しのためにニンジン入れてますw
あんまり必要ないですが(￣ー￣)
自分なら警護者と従者を適当に代えますかね。
モルも1枚は減らすかもしれません。

あと、コンネクでしたらハエもなかなかの使い勝手なのでおすすめします！
てか、使ってほしいだけですw
俺は超越は捨てたデッキだから少し型が変わるかもしれませんが...

最近はロイヤルなど横に広げて殴ってくるタイプが流行ってるから腐の嵐入れるだけで大分改善出来ると思う