相性の良いデッキ、悪いデッキはありますか？

当然あります。
シャドウバースの環境で言えば、基本は
ビートダウン>コンボ>コントロール>ビートダウン
といった感じですかね。
•コンボが現状始動が遅い為、それまでに決着を付けられるビートダウンがコンボに強い
(例:ロイヤル>ウィッチ)
•コントロールがコンボパーツに干渉しづらく、また立ち上がりが遅い為コンボがコントロールに強い
(例:エルフ>ビショップ)
•豊富な除去や守護、回復によって攻撃が通りづらい為コントロールがビートダウンに強い
(例:ビショップ>ネクロ)
こんな感じです。
ここに先手後手、相手へのクリティカルなカードの有無で勝率が上下します。

…とまぁ偉そうに語ってますが、見てきたデッキのマッチアップや経験から概ねこんな感じかという自分の中の話なので参考程度にしてもらえると助かります。

早いデッキはバランスのいいデッキに弱く
バランスのいいデッキは遅いデッキに弱く
遅いデッキは早いデッキに弱い

あくまで個人的なイメージですが

自分が作った事のあるドラゴンのデッキだけで言いますと
フェイスドラゴン→遅いデッキを轢く初見殺しデッキ。ロイヤルとはそこそこ戦える。ビショップ相手は厳しいです
疾走ドラゴン(ミッドレンジ)→ウィッチエルフには基本有利。引き次第だがロイヤルがちょっと厳しめ。ビショップは攻め切れなければ負け濃厚です。祝福2連打は無理ゲーです
ランプドラゴン→事故の具合によってはどのクラスにも5分で戦えるデッキだと思っています。逆に事故ると…
サタンドラゴン(塔ドラゴン)→ロイヤル相手はかなり頑張らないと無理多分ドラゴンの中では一番ビショップと相手出来るデッキ

全体的にビショップは苦手ですね…pp貯めてサタン早出ししましょう…

当然、あります。
そもそもTCGとは環境のメタデッキ＝相性が良いデッキを作って対抗していくものですから。
例えば陽光サタン。これはロイヤル全般に対して相性が良いです。
冥府エルフ。速度が遅いデッキに対して強いです。
リーダー単位で相性が悪いデッキも勿論あり、特に夢路さんが挙げているネクロは根本的にビショップに弱いです。消滅がありますからね。それでも勝つ手段はありますが…。