なんとなくナーフの傾向ってわかるような気がしない？

勝率高いデッキの採用率高いなるべく銀のカードをナーフ。
勝率はそこそこでもヘイトの高いデッキのキーカードナーフ。

この程度だと思いますよ。
超越ナーフされないのは勝率低いからです。
竜巫女はレジェンドです。
ロイヤルメイジは現ロイヤル勝率低いからです。
イージスもビショの勝率高くないです。
根源冥府は延々とトップメタでした。
ミニゴブＯＴＫリノは勝率余裕のドロシー超えです。

たまにナーフを狂カードのバランスとるためだと思ってる方がいそうですが、別段１カード自体が強くてもデッキ自体が勝てないのにナーフをすればクラスが死にます。

基本的に、シャドウバースにおけるナーフは「勝率が異様に高すぎるデッキを抑制し、環境を健全に保つ」ために行われていると自分は解釈しています（出来ているかは別として）。
その上でレジェンドを除き、トップデッキの機能を強く支えているカードを選ぶのが基本方針のようです（レジェンドはナーフしないと言ってたし）。
なので、上記のカード群はおおよそ「トップデッキのやべぇムーブを産み出してきた元凶たち」でもあります。
一方で、そのクラスの根幹にあるシステムには出来るだけ干渉しないように…と言う配慮もうかがえます。
ドラゴンは「過剰なバーストダメージを生む」と言う性質のゼルと、「相手の戦略に対する破壊力が高すぎる」と言うライブラが大きなダメージを受けた一方で、PP加速と言うドラゴンの根源ムーブはノータッチです。
そして、ネクロはネクロマンサーの強みの根幹であった骨の貴公子の使い勝手を悪化させるために重くする一方で、元が「ネクロマンス用の墓地確保」と言うコンセプトだったためか、効果自体はノータッチです。
そこら辺を考えると、ある程度ナーフカードも読めてくるのかな、と思います。
また、イージスやルミナスメイジ、超越に関しては、単純に「環境においてトップメタではない」からノータッチなだけだと考えています。
環境で特に安定した成果を残せていないクラスの持つパワーカードをついでのようにナーフしていれば、ナーフによって環境のバランスを取るという行為が成立しませんし、単なる死体蹴りです。
ましてや、データ上で明らかに「これ抑えたら次はこれが出てくるだけだな」と分かっているならともかく、「なんとなく次はこれが来そうだな」と言う程度の懸念でナーフだの言い出したらキリがないので、現状上位にあるクラスのカードのみが基本的にナーフ対象であると考えるのが正確なのだろうなと思います。

テミスって対策できるの？
このゲーム、極々一部を除いて破壊耐性あったっけ？

単にキーカードをナーフするだけだよ。理由なんて後付け。もう全部ストレスが大きいからでいいでしょ。

(異論は特に)ないです。
こうやって見るとそれぞれのタイプの根源、ルーン、ミニゴブで前科があるのに同じ過ちを繰り返してますね…