二枚挿しと三枚挿しについて

質問者さん的には3枚刺しにするとデッキの柔軟性が無くなる為、逆に使いにくいと感じるのでは無いでしょうか？
３枚刺しの利点はデッキコンセプト通りの動きをしやすくする物だと思っています。使っているカードの種類が少なければ必然的に動き方は集約されて行きますし、狙ったコンボ等を打ちやすくなります。こちらがやりたい事をやって勝つ、と言った事がしやすくなるでしょう。
一方、２枚刺しはデッキコンセプト通りの動きが３枚刺しに比べるとやりにくいと思っています。しかし、使っているカードの多彩さから相手のデッキに沿った戦術を取りやすく、幅広いデッキを受けられやすいと感じています。ランクマッチなどでは様々な種類のデッキと戦う為、柔軟性のあるデッキ構成の方が安定していると感じるのかもしれません。
またデッキをめくる頻度にもよるかもしれません。フェイスロイヤル等のアグロデッキは必然的にめくるカードが少ない傾向にあります。その為、単純な３枚刺し構築を増やし、速いターンで強ムーブを生み出す事に特化している為、搭載するカードの種類が少ない方が有利になると思います。
昆布などのコントロールデッキは２枚刺しで受けやドロソのバリエーションを増やし、たくさんの選択肢の中から勝つ、と言った戦術を取る為２枚刺しの方が強いと感じています。

カードの多くを3積みにするのは、カードの種類を減らして事故を防ぐためです。

ほとんどを2積みにして戦略に柔軟性を持たせるのも良いとは思います。

しかし、ここに貼られているのがほぼ3積みのデッキであることから、勝てるデッキにおける重要度は

事故防止 ＞ 柔軟性

であると考えられます。

つまり、事故が起きやすいなら3積みを増やして戦略を絞るべきです。

逆に、2積みが多いデッキでも事故が少なく勝率が高いのなら、3積みを増やす特段の理由はありません。

早い段階で引きたい、何枚あっても困らない、これが引けないと死ぬカードが3積みです。
超越のようなキーカードや、ゴブリンのような1コスフォロワー、託宣といった初手に欲しい低コストは基本3積みです。
2枚では大抵初手に来ませんからね。

引きたいけど初手にはいらない、手札にダブってほしくない、欲しいけど最悪なくてもなんとかなるカードが2積みです。
オデンのような特定のカードへの対策や、サタンのような後半に1枚出せばOKなフィニッシャーですね。
ただ、前述の3積みしたいカードのほうが優先なので、枠の都合で1枚で我慢したり、3積みカードの中で優先度の低いカードを2積みに下げるなどもあります。
あとはウィッチでレヴィ2マーリン2みたいな、進化ありきで運用したいカードを6枚も入れたくないので2：2で4枚にするとか、素のゴブ3積みするならフィーナちゃんは2枚に留めたりとかします。

デッキを組む上で重要なのは、安定性とカードパワーの総和（シナジーの話は一旦脇においときましょ）と考えます。
大事なのは、必ずしも複数使いたいカードだから3枚入れるのではなく、必ず引きたい強いカードだから3枚入れるという事が多々あるということです。
わかりやすく極論すると、デッキ40枚同じカードなら、その動きは毎回同じものになるでしょう。安定性という面では理想的ですし、それが強いカードなら素晴らしいですね（実際にはコストやシナジーがあるため、40枚同じが最強には多分なりませんが）。
逆に、デッキの全てを異なる名前のカードで組む（ハイランダー、全部1挿し）、その上で勝ち続けるのは困難です。デッキパワーは、同じカードを複数使えるより確実に落ち、また回すたびに違う動きをすることでしょう。
すごく雑に言うと、同じカードが複数枚入れられることで、強く安定したデッキが作れるわけです。

場合によっては強いけど、そうでもない場面もある、一枚は強いけど二枚は要らないというカードは2挿し１挿しになるかと思いますが、そうでない、デッキを定義するカードは原則３です。2挿し１挿しがやたら多いデッキは、そういう意味で多くの場合迷走してます。3挿しが基本にして正義！
（ランプあたりだと特に、枠の分割って発想もあるけど、それも置いときましょう）

どの試合でも1回は使いたい→3枚差し
仮想敵に対するメタ→1枚差し
その他2枚差しが個人的な配分です

1試合で2枚以上被ってもいいようなカードは3積み、1枚だけ引ければいいようなカード、枠がなくて重要度の低いカードは2積みですね。メリットとしては毎試合同じような動きができる、したい動きができることですかね