秘術で勝てなくなりました。

冥府が足を引っ張っているのでは？と思いました。
土は全般的に墓地が増えやすいですがやはり専用にしない限りはサタンの方が早いケースの方が多いです。
そして墓地を肥やそうとエンケミ3はアグロには大きな隙に…。
他の方も言及されていますがルーンも低コストで手札を減らすという意味で息切れを早め、墓地肥やしにも繋がらないカードかと思います。
冥府を軸にするならばドローソースを潤沢に、新たなる運命を入れてきっちり決められるようにした方が勝てると思います。

あとは3コスト帯でしょうか。代償3はラスワに大幅有利とはいえ3コスト2点除去、2度3度も使うと少しずつテンポロスを生んでしまうので2枚に抑えた方がいいかと思います。
変性は基本性能からしても環境を見ても超強力なので3枚積んで損することはやはりないかと。
3コスト安定択としてミニゴブはオススメです。投稿者さんのデッキですとレヴィかドワケミを確実に引っ張ってくれますので進化権を有意義に使えます。

秘術においては対コントロールで手札有利を取るのはドローソースではなくコスパだと思います。とにかくコストを使い切って展開していくのではなく、相手よりも少ない消費で同等あるいは有利を取っていくことで相手の息切れを狙うことを意識するとコントロール相手にも手札切れをしにくくなると思いますよ。

まず土にドロシーは入りません。もともと手札が枯渇し難い上、スペルブーストもし難いからです。
パメラを残す方向なら逆に2枚に増やしましょう。進化レミラミを強化して6tにリーサルを見るためです。
テンポ負けしないレミラミは後手時のエースですので2枚は入れてください。
貫きは土にはあまり合いませんので外して良いと思います。全体除去があるため、レヴィも減らして構いません。バーストで勝つデッキでは無いのです。
相手がコントロールの場合は、ドワーフを優先して進化させ、手札の枯渇を防ぐプレイングが必須になりますので留意のほど。また、バハを警戒して破片は出し過ぎ無いよう。

添付画像の見切れは、ノノノ3、オリビエ1です。OTKエルフなど疾走系とアグロ全般に有利を取れる構成にしてます。ネフティスには滅茶苦茶強く、エイラ、セラフ、昆布にも有利です。

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やはり仮想敵を絞るのが一番かなと感じます。
現環境はアグロ、コントロール共に残っているデッキはそれぞれ真逆の方向に特化されており強力で、両方に勝てるデッキを作るというのはバランス的に厳しいです。

共通としては
3コス帯にミニゴブメイジが欲しいです。レヴィルーンは当然ですがドワケミでの破砕や禁忌サーチの確率が高くなるのは強いです。
ドローソースとしては虹の輝きが相手にテンポロスをさせつつドロー、相手に対して撃たなくても
印やドワケミを戻して再利用しながらドロー、印事故の時に印を戻し盤面を空けるなど色々な所で応用が利き優秀なので2枚ほど投入を検討するといいかもしれません。

対アグロなら
上述したミニゴブに加えて
ライフ面が不安ならヒーリングエンジェルもシンプルに強いです。
4コス帯にレミラミを入れるのも良いと思います。
レミラミはルーンやパメラとも相性が良くいっそ冥府を抜いてパメラ軸にするのもアリです。
進化権の取り合いになるのでレヴィとレミラミは合わせて4枚ぐらいでしょうか。印も使うのでこの辺りは上級アルケミストの枚数などとも相談です。
テンポウィッチを睨むなら3コス帯の除去にも厚みが欲しいです。魔女の雷撃、エラスムスの秘儀が強いのでこの辺りから2、3枚欲しいです。代償の枚数などとの兼ね合いになりますね。
ドロシーは出す頃には勝負がついているでしょうし必要ないと思います。2~6Tの処理、防御能力をひたすら安定させる構築にするのが良いのではないでしょうか。

対コントロールなら
当然バハムートの投げ合いやセラフ、処理しづらい大型フォロワーが飛んでくる事が想定されます。
ルーンの貫き、錬金術の代償などは後半になるにつれ費用対効果が低くなるので抜きましょう。
変成+1や破魔の術式（エラスムス、氷獄なども後半フィニッシャーを兼ね除去を強要できるのでアリ）を増やし中大型処理の能力を高めるべきだと思います。オーディン、バハムートを投入しても良いと思います。
ドローソースに関しては虹とドワケミ進化でもわりとやりくりできそうですがどうしてもという場合には運命の導きが鉄板かと思います。

私も質問主さんと似た構成の
秘術を使ってます。

錬金術の代償とルーンは好みですがいらないかと
代償は効果が限定されているのと
3コスなのでテンポロスになりがちで
後半にあまり役に立たないと
使ってて思ったので私は1枚も入れてません

ルーンは強いですが
今の構築なら手札が枯渇しやすく
後半に来た場合2ダメじゃ倒せなかったり
あっても無くてもそこまで変わらない事が
多かったり噛み合いにくいのでいらないかと

3コスの動きが弱いので
ヒーリングエンジェルやミニゴブなど
後半でも腐りにくく序盤に出しても
充分な働きをしてくれるので入れても良いかと

あとドローソースとして運命の導きは欲しいです。
ドロシーで引ければそのまま使えて
返しの手段を引ける確率があがりますし
やはりないと長期戦がきつくなります。

画像であげてるのはちょっと前にAAで使ってた土で
見切れはルシフェル、ドロシー、オリビィエ、バハで
ルシフェルとバハに関しては完全な趣味ですが
コントロール対決だと役に立ちます。
勝率は6割くらいしかなかったので
役に立たないかもしれませんが。

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そこまで悪い構築には見えないので、たまたま相手が回っていて勝てていないだけかもしれません。
その上でいくつか指摘させてもらえば、

・ドロシーは必要？スペブ先も特にないので、単なるドローソースとしてなら運命の導きの方が安定すると思います。何かこだわりがあるのであればこれ以上は突っ込みません。

・もし手札枯渇に悩まされているのであれば、上記の運命の導きに加えて、虹の輝きを1~2枚差すと良いかもしれません。印やドワケミのファンファーレを使いまわしつつ1ドローでき、便利です。

・ルーンの貫きはうまく機能していますでしょうか？レヴィとのセット運用を見据えての採用かと思いますが、うまく機能していないなら3コスの除去に変えた方が安定するかもしれません。

・どうせパメラを使うのであれば、冥府型ではなく、パメラ型として構築しなおしてしまうのはどうでしょうか？冥府は0~1枚に抑え、レミラミやルーキーあたりを入れるとそれっぽくなると思います。

私の秘術も未だに迷走中ですので、的確なアドバイスができているか不安ですが、参考になれば幸いです。