相手の手札が何処から出てくるか見て何を判断しますか？

マリガン時の超越推測は他の回答者様の回答でいいと思います。あとは自分で使うとよく分かるのですがマーリン進化の時点で超越を所持した可能性が高いと思って下さい。体感的に結構な確率でひけます。マリガン時からとマーリンだしてからは墓地の数をカウントしそこからスペブを予測して下さい。フォロワーの少ないデッキなので基本的に何回スペル使われたかが墓地から推測しやすいです。体感の話にはなりますが13から15くらい墓地がいくと超越リーサルの危険性がかなり高まります。
上手くいかないようでしたら相手の墓地をみてそろそろ超越やられそうだなくらいに思っておくだけでも違うのかなと思います。


基本的に3積みされてるサーチ対象は超越、ブラスト、運命の導きです。そしてマーリン進化以前にこれらのカードが使われたらサーチ先の候補も絞れますよね？勿論チェインや握撃などいれてる方はいますが3積みは少ないかと思われます。

「この野郎トップで解決しやがったな」

自分でプレイしたことがあるデッキタイプだと（初手から握っておきたいカードがあるデッキなら）予想もしやすいかと思います。
超越なんかはその最たるものですね。
御自身で超越をプレイしてみれば、相手の状況をおおよそ予測できるようになると思います。

相手がどこからカードを出すか見て何を判断するかと言う質問には合ってないですが、1つ裏技みたいなものを。
相手がカードを触っているときによく見るとカードの周りがうっすらピンクに光ります。アップデートで改善されているかもしれませんがアプデ前は何を出そうとしているかがわかりました。ただすぐにカードを出されると光りませんがね。

スペルウィッチ以外は見なくていいかと、ただ対戦してる時に相手が長考傾向にあり尚且つプレイングが上手い場合はそこら辺も含めてプレイ内容を決めている人も多いかと思います。
なので、逆にこちら側としては重要なカード、ビショップでいうテミスみたいなリセットカードは新しく引いた順に使っていくと若干誘えるのではないかなと思います。
さらにテミス発動前に若干の長考を交えると尚効果的かと思います。

え？さっき引いたの使ったじゃん最初から持ってたの？みたいな相手の心の叫びが聞こえると一人愉悦に浸れます。

と言ってもあくまで、そう思っているだけで実際に効果があるのかはわからないので、話半分程度に聞いていただければと思います。

マリガンでキープしたカードをチェックしておくっていうのはやってましたが面倒なので今はやってません
特にウィッチに対してですが序盤からずっと使わずにいるカードをチェックしたり、あとランダムサーチで加えたカードとかチェックすると有効かもしれません
やるに越したことはないけど必須テクではないと思います

まず相手がマリガンで何枚交換したか、
そして初期3枚+α分、つまり相手のカードの
右から3枚+αがいつまで残っているか。
これが判れば、超越に関してはある程度判断できます。

例えば一枚交換なら右二枚が超越等重要カード率が高く
その二枚がプレイされるまでブースト計算しておけば
超越のタイミングが予想できます。
ですがその二枚が途中で消費されるようなら、超越の
ブーストは遅めになっているかもしれません。

余裕できたらマリガン分５枚を見ておけば更に良いですね。
相手のプレイカード次第でデッキ判断も素早くなりますし
こちらの進化ポイントの使い時の判断の材料にもなります。
ウィッチに限らず相手が初期に残したカードがいつ出てくるかで
ほんの少し判断材料になれば、それが勝率に繋がると思います。