シャドウバースの回答詳細

シャドバ本体の方に特に違いはないと思うので、自分が感じた範囲でのSteam版とDMM版による違いを。

Steam版
・Steam本体の起動に数十秒（アップデート云々で変動）シャドバ本体は10秒程度で起動できる。
・その代わりSteam本体は起動したまま（アイコン化して放置が基本なので邪魔にはならない）
・クリスタルの決済はSteam経由。クレジットカードやWebマネーなどで払える。入金額は支払い額ぴったりや1000円単位など、ある程度の設定可。
（決済時はSteamの「設定」→「ゲーム中」→「ゲーム中にSteamオーバーレイを有効にする」をONしておくこと）

DMM版
・DMMプレイヤーの起動には数十秒、そこから更新チェックでシャドバの起動に毎回3～5分くらいの時間がかかる。
（使ってたのは半年前だから、今は変わったかも知れない）
・起動後はDMMプレイヤー自体を終了しても問題なし。
・クリスタルの決済はDMMポイントで。500円～1000円単位での入金になる（例外あり？）


Steam版は融通が効いて扱い易いのが利点ですが、Steam自体は英語が主であり、例えばクリスタル決済で問題が起きた時は最悪、英語のサイトで問い合わせ…という可能性があるのが難点です。
DMM版は動きが遅く融通も効かないのが不便ですが、全て日本語なのでサポート関連は優秀。問題を解消しやすい利点があります。

一応、どちらで始めても「データ連携」を利用して移行する方法があるので、あまり悩まずに始めてみても良いかもしれません。