燃えネズミの相討ちだけ勝ち判定が違うのはなぜ？

相討ちの仕様として効果の使用者が負けることになっています。

燃えネズミは相手の場にある以上、相手のフォロワー扱いになります。
なので燃えネズミの効果によって相討ちになった場合、効果の使用者は相手となるので、燃えネズミが場にいる側のプレイヤーが負けるのです。

両者に同時に影響を及ぼす効果は、『効果が発動した時点の』ターンプレイヤーが優先で処理されます。
前の２つはファンファーレや即時スペルなので使用者のターンにしか発動できません。使用者のターンに発動するので敗北処理も使用者側が優先で行われます。
一方で変異の効果は敵フォロワーを変身させるだけで、実際のダメージを発生させるのは燃えネズミです。燃えネズミの効果は（自分の）ターン開始時に両者にダメージなので、最初の法則に基づき燃えネズミが所属する側、つまり変異を使われた側が優先的に敗北処理されます。

判定は自ダメージ、相手ダメージの順に処理されます
変異させたのは相手でも燃えネズミ自体の手札は自分にあるので
処理も通常通り自ダメージが先になっているだけです

ダメージ発生源のネズミの所有者があなただからです。
同時ダメージでの合い打ちの場合、
ダメージ発生源の所有者もしくは使用者が先にダメージを受ける仕様です。
……なのでネズミの場合、
あなたがネズミの使用者の場合、
ネズミのダメージは｢あなた→相手｣と言う順番で処理されています。

変異の使用者が相手でもネズミ自体はあなたのものなのでどう使用もありません。

どゆこと？ ネズミの自滅で負けってことじゃないの？
違うの？ ネズミの自滅で変異打った方が負けるの？

燃えネズミも同じように、燃えネズミが場にいるプレイヤーの負けとなります。

同時に体力0になった場合はアクティブプレイヤーが負けになるんじゃないでしょうか。
燃えネズミはターン開始時だから使用者が勝てる

相手の場に燃えネズミがいる時ですかね？？

その場合を想定しますが、相手のターン開始時つまり、相手のターン中は相手から処理をされるのです。
死霊を自分が出した時は自分のターンなので処理は自分からになります。