シャドウバースの回答詳細

①序盤からのダメージ取り性能の高さ
　先手でクイックブレイダーから不屈の兵士、フェンサーホワイトジェネラルで4ターン目までで16点ダメージが叩き出せます。(これはヴァンパイアで1コスト+ブラッドウルフ3体展開するよりも高火力です。)
　序盤でモタついただけで多少フォロワーを出せても進化無しで10点以上奪われるこの性能は全クラスでトップと言え、その後の疾走性能も加味すれば、これだけで勝負が決まってしまっているとも言えます。
　だからと言って、これに対策し過ぎると他のデッキに不利になりがちです。また、ロイヤル自身もこの序盤の強力さを見込みつつ高コストの強力なカードを多量に積んでいる例もあり(単なる運任せデッキになりがちですが)、この序盤の動きだけを警戒し過ぎて構築しても対ロイヤルでの勝率が上がる訳ではありません。「ロイヤルが序盤に完璧に回った時」について常に対応出来るデッキを目指し過ぎては逆効果です。ある程度割り切る必要があります。プレイングについても同様です。
　つまりはロイヤル相手はどうしようもない状況が多い。
　そういう理不尽は嫌われて当然です。
　
②展開力
　このゲームでは複数フォロワーを対象にした効果というものは限られています。勿論全体除去のような例外もありますが、スペルカードでも基本は単体を対象としていますし、フォロワーカードに至っては場に出て1ターン経ってやっと単体を殴れるという始末です。
　横に展開しやすい(特に乙姫の5体展開など)ロイヤルは、相手にとって「対応しきれない」状況を作りやすい訳です。
　つまりはロイヤル相手はどうしようもない状況が多い。
　そういう理不尽は嫌われて当然です。

③常に相手を後手に回す特性
　ロイヤルの特徴として「フォロワー強化」があります。
　特にセージコマンダーなどは、それだけで勝負を決めかねないだけの破壊力があります。対策はフォロワーを逐一除去していくしかありません。
　結果として、ロイヤルを相手にすると、常にフォロワー除去に追われ続ける事になります。こと展開力が高いだけに始末に負えません。
　先に述べた序盤からのダメージの取りやすさもあり、ロイヤルを相手にすると、自分のデッキの勝ち筋のプレイをするよりも、フォロワー除去を優先せざるを得ない訳です。
　ロイヤルを相手にするとロイヤル中心に試合が進む。
　相手としては楽しめるでしょうか。

④プレイング・構築の幅の狭さ
　ロイヤルは基本的にどのデッキも同じ動きをします。明らかにそれが強いからです。大半のデッキはスペル(アルビダ除く)すら抜いている始末です。
　殆どのロイヤルとの対戦は驚きも感動も無いでしょう。あるのは①②③に巻き込まれなかった時の安堵か、巻き込まれた時の苛立ち程度。
　殆どのロイヤルにとってミッドだサタン入りだ何だと言っても、序盤の動きを修正するようなものではありません。構築においても低コストに守備寄りのものを増やしたりもしません。単に高コを多量に入れただけです。（メイドサーチ含む確率計算をしてデッキを構築するロイヤル使いを見かける事はまず無いでしょう。）そして【上手く回るのを祈っているだけ】です。
　こんな頭も使わず運任せなプレイヤーと戦って楽しいでしょうか。

　総評としましては、回り方次第で一方的に圧殺し得るロイヤル自体の性質と、それに加えてロイヤル使いの脳死運任せ構築＆プレイが嫌われる原因でしょう。
　せめて構築で独創性を発揮してくれていればこうも嫌われる事もなかったでしょう。ポテンシャルの高いカードは多いですし。「低コスト指揮官デッキ」や「カースドデッキ」等、極々稀に面白い実用可能デッキは見かけます。