最初の手札交換

マリガンの判断要素はコストではなく、そのゲームで勝つために何が重要なのかです。

例えばフェイスロイヤル。1ターン目から動くことが重要です。その上、大量の2コストフォロワーが入っているため、2コストをキープするメリットは小さい。したがって1コストをキープしていない限り全てマリガンします。

例えばネクロ。2コスト、3コストフォロワーを手に入れることが重要です。しかし後攻の場合、4ターン目の悪戯なネクロマンサー進化までの道のりを考えます。序盤でフォロワーの出し合いをすると相手だけがフリーでこちらのリーダーを攻撃できてしまうので、序盤は除去カードも重要になります。

例えばビショップミラー。サタンをキープします。

低コストを残すことが必ずしも重要な訳ではありません。それぞれのゲームで何が重要なのかを考えて、臨機応変に選択する必要があります。

コスト2でも交換に出す事もありますね
ビジョップを使ってますが教理は大体交換
法典はエルフ相手だったりこっちが先行なら交換する事が多いです
スネークプリーストは確保、この状態で鉄槌僧侶が来てたらそれも確保します
フラムグラスデッキの場合は相手にもよりますがバロンと狐は一つ確保
グラスはバロンと守護の有無、相手のジョブ次第で交換です

ロイヤル相手の場合速攻で死にかねないのが怖いですね
先行最速で風神出されて詰みなんて事もあるあるです
確保したいカードがあってもまず序盤をどう生きるかから考えてます

コントロールヴァンパイアメインでやってますが、犬や漆黒の契約は優先してキープしています
ただし犬とスウィートが両方来た場合は犬をマリガンですかね（後半の奇襲やダメ押しに使えるので序盤はスタッツが優秀なスウィートで）
最近は蠢く死霊1枚と呪剣2枚入れたのであったらキープしています
復讐時は4ターン目で使える黙示録は相手リーダーによってキープしたりしてなかったりわけてる感じですね
どうでもいいですが、マリガン先のカードがセクシーヴァンパイア2枚というのが何度かあります

相手によりますがコスト4でもキーカードであれば残しますね。

あと私はロイヤル使いですが、コスト1/2/3が初期手札であっても、コスト２がキーカードでなければ交換に出してしまいます。

1枚マリガン+2Tまでで計３回カードを引けるので、ロイヤルのデッキ構成ならかなりの確立でコスト２のカードは引くからです。ロイヤルは初動が大事なので、適当なコスト2を出しても負けてしまう事が多いのでこの方法を取っています。

個人的な感想ですがこの指針でやり始めてから事故率は少ないですし、キーカードを引く確率は上がり結果勝率は向上していると思います。

なのでデッキによってはコスト２を全てマリガンに出すのも有効だと思います。参考までに。

私はミッドレンジロイヤルとアグロロイヤル使ってますが、それぞれで変わります

ミッドレンジ
コスト２フォロワー１枚が必須で、コスト１はなくても構いません。コスト５以上は問答無用でマリガンします。
２枚目のコスト２やコスト３はできればほしいですが状況によりけりです。

アグロ
コスト１が来ないとアグロとしては話にならないので、コスト１がなければコスト２が３枚でも２枚はマリガンします。

無論それはデッキによって異なりますし、相手のジョブでも変わってきますね。

例えば私が現在使っている「コントロールヴァンパイア」なら大体の場合2コスのカード（特にベルエンジェルや取引等のドローソース）が来るように引いています。
更に言うと、既に手札にこれらがある場合は「漆黒の契約」が手札に来るようにその他のカードをマリガンにかけます。

ここまでが私のデッキのテンプレートなのですが、例外としてもし相手がロイヤル等の速攻を仕掛けてくる可能性が高い場合は「スウィートヴァンパイア」を先ず引くようにしています。
ドレイン持ちで2コストな上にライフ3となかなか良いステータスなので相手が速攻をして来ても回復しながら除去することができるのでこのデッキの得意な長期戦に持ち込みやすくなり、結果として勝ちに繋がりやすいのでそのようにしています。

私はこのような感じてすね(*´∀`)♪

超越ウィッチメインでやってます。

私も基本的に4以上は交換しています。
ただ1枚でも手札を引くカードがあり、かつ4以上のカードがブーストできるものであればとっておくこともあります。

超速攻型ネクロ使ってます。
コスト1が2枚とコスト2が1枚手札に来るように交換してますね。
例外はこっちと同じかそれ以上に早いデッキを相手にする時です。大体ミラー、ロイヤル、エルフに対して後攻は怖いので悪戯なネクロマンサーが来たときは確実にキープします。あとはひたすらHP削ってファントムハウルでさよならって感じです。

速攻エルフメインです。
自分はウォーターエルフとフェアリーウィスパラー（1コス、2コスでフェアリーを入手できるフォロワー）、カードを引けるカード以外は、重要キャラであるアーチャーやメタルエルフメイジであろうと全て交換しています。

理由はいくらキーカードやフェアリーが豊富にあっても、基本的に速攻で決着をつけたい性質上、どうしても手札が足りなくなるので、カードドローができるカードをなるべく増やしてデッキの回りをよくする必要があるからです。
前述の2つはフェアリーしか増えないのでデッキは回りませんが、普通に出しても能力が発動する上に1～2ターン目のフォロワーとして十分に相手のフォロワーやライフ、処理カードを削ってくれますので、複数枚かぶったとき以外は残しています。

他の方の回答にもあるように、どのようなデッキで何が必要かによって判断は変わってくるでしょうね。