効果について

そもそも、カードの効果には「対象を選択する効果」と「対象を選択しない効果」があります。
対象を選択しない効果は、相手のフォロワー全てへの効果や、質問にあるようにランダムなフォロワーへの効果、特定ダメージを自動で割り振る効果などがあります。

「相手の能力で選択できない」という能力は、「対象を選択する効果が発動した際、対象として選ぶことができない」という意味ですので、今回のような対象を選択しない効果は受けます。
どちらの効果が優先というよりは、そもそも前者の効果範囲に後者の効果が含まれていないだけですね。

なお、潜伏についても同様です。

んー、「どちらもお互いルール上競合しません。なのでどちらかの優先そのものがありません」かな？　
「選択出来ない」は文字通りプレイヤーが選択出来ないだけで破壊耐性もダメージ耐性もありません。「ランダム」は無作為でありプレイヤーで任意のフォロワーを選択できず「対象」は取りません。なのでランダムダメージで無作為でシステムに選ばれるとダメージを受けます。

相手の能力で選択出来ない、であって、ランダムは選択する効果を含んでない。

優先と言うか、そもそも相手の能力で選択出来ない、ではランダム対象の効果には対抗出来ない、って言う感じでは？

反する効果ではないので、優先とかはないですね。
｢相手の能力で選択できない｣ は相手プレイヤーが対象フォロワーを指名できなくなる効果。
｢相手のランダムなフォロワーに～
｣は指名せずにランダムで決まった対象に発動する効果。(相手フォロワーがいなくても使用可能)
指名できなくなる効果と指名せずに発動する効果。
どちらも発動した結果、ランダムダメージが飛びます。

「相手の能力で選択できない」ってのは「相手プレイヤーが直接の選択をできない」って意味なだけ。

だからランダム系、最大最小系(例えば「強者の威風」やライナの進化時効果)、ナハトナハトのトークンとかには貫通される。

端的に答えると、ランダム効果は自分で選べない反面、選択できないフォロワーに当ててくれる可能性もあるのでメリットでもあります

多分後者です。